熒光顯微鏡用于研究細胞內(nèi)物質(zhì)的吸收、運輸、化學(xué)物質(zhì)的分布及定位等。 細胞中有些物質(zhì)，如葉綠素等，受紫外線照射后可發(fā)熒光；另有一些物質(zhì)本身雖不能發(fā)熒光，但如果用熒光染料或熒光抗體染色后，經(jīng)紫外線照射亦可發(fā)熒光，熒光顯微鏡就是對這類物質(zhì)進行定性和定量研究的工具之一。

　　熒光顯微鏡的透射光系統(tǒng)

　　1、光源部分   包括：石英汞燈石英質(zhì)外殼內(nèi)充填超高壓或高壓汞氣的燈管；消球差透鏡。通過該透鏡可使由光源來的光線形成清晰而平行的光束；激勵濾光片。為了濾掉由燈管所發(fā)出的其他非紫外光部分，選用光譜波長為365納米的紫外光濾光片，使光源成為紫外光源。

　　2、儀器主體部分   與生物顯微鏡構(gòu)造基本相同，具有臺下棱鏡、臺下聚光鏡及載物臺等，先進的還具有偏光裝置。

　　3、物鏡及目鏡鏡頭   具有一套顯微目鏡和顯微物鏡系統(tǒng)，它是在可見光通過與發(fā)熒光物體的光程范圍內(nèi)的條件下，進行肉眼觀察和在紫外線透射光下照相用的，常配有石英螢石物鏡、玻璃透鏡、消色差物鏡等。

　　4、抑制濾光片   為了保護觀察者的眼睛，在進入目鏡的光路前安上一個波長在436納米以上的濾光片，它幾乎*吸收了波長短于365納米的紫外光線。

　　透射光系統(tǒng)由光源產(chǎn)生紫外光，經(jīng)儀器的主體透射到載物臺的巖石薄片上，再經(jīng)物鏡、目鏡直接投射到觀察者的眼睛中。該系統(tǒng)是用來觀察巖石薄片中所含烴類物質(zhì)的各個組成。

　　反射光系統(tǒng)   它的光源系統(tǒng)與透射光系統(tǒng)相同，不同的是它不通過臺下折光棱鏡和聚光鏡，而直接將熒光發(fā)生器安裝在顯微鏡基座上。這樣由光源來的光改變了原光路系統(tǒng)，使紫外光先經(jīng)過物鏡上端，通過物鏡照射到載片的物體或巖石磨光面上，將激發(fā)的熒光反射回物鏡經(jīng)目鏡到達觀察者的眼睛。反射光系統(tǒng)所觀察到的光線是巖石表面能被紫外光激發(fā)而產(chǎn)生的熒光。由于輕質(zhì)瀝青易逸散往往浮在巖石表面，所以用反射光來觀察薄片及巖石磨光面的輕質(zhì)瀝青物質(zhì)以及煤層、天然瀝青、裂縫中的瀝青物質(zhì)等。

　　照相系統(tǒng)   照相系統(tǒng)是用來拍攝對鏡下觀察到的代表性或典型性內(nèi)容以充實文字描述的再現(xiàn)性增添的一項輔助系統(tǒng)，目前該系統(tǒng)的功能多為自動化，它主要包括電子測光裝置、變倍鏡頭、照相機和控制盤，照相機一般都裝置在儀器主體的頂端，由電纜連接控制臺，操作極為方便。